Финансовое ведомство разъяснило этот вопрос в Письме от 30 августа 2010 г. № 03-04-05/3-502

Минфин напомнил, что индивидуальный предприниматель, осуществляющий деятельность с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, признается налоговым агентом в отношении доходов, выплачиваемых им работникам, нанятым в целях осуществления такой деятельности. В связи с этим на такого индивидуального предпринимателя возлагается обязанность по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц при выплате дохода указанным наемным работникам.

Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается по месту учета налогового агента в налоговом органе.

Минфин также пояснил, что в случае, когда индивидуальный предприниматель состоит на учете в разных налоговых органах, в том числе по месту осуществления деятельности с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности и по месту жительства, налог на доходы физических лиц с доходов, выплачиваемых работникам, занятым в деятельности, в отношении которой применяется указанный единый налог, следует перечислять в бюджет по месту учета индивидуального предпринимателя в связи с осуществлением такой деятельности.

В указанный налоговый орган индивидуальному предпринимателю, являющемуся налоговым агентом, следует также представлять сведения о доходах физических лиц соответствующего налогового периода и суммах начисленных и удержанных в этом налоговом периоде налогов, в соответствии с пунктом 2 статьи 230 Кодекса.