Минфин в Письме от 19 августа 2010 г. № 03-11-06/2/131 пояснил, что организация, применяющая по разным видам деятельности два специальных налоговых режима, один из которых согласно Федеральному закону от 21 ноября 1996 года № 129-ФЗ не освобождается от ведения бухгалтерского учета, должна вести бухгалтерский учет, составлять и представлять в налоговый орган бухгалтерскую отчетность в целом по всей организации

Минфин пояснил, что в случае, когда налогоплательщиком осуществляется только один вид предпринимательской деятельности, подлежащий переводу на систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход, иные режимы налогообложения не применяются.

Вместе с тем, в случае применения налогоплательщиком системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход и упрощенной системы налогообложения, согласно пункту 8 статьи 346.18 НК РФ, он обязан вести раздельный учет доходов и расходов по разным специальным налоговым режимам. В случае невозможности разделения расходов при исчислении налоговой базы по налогам, исчисляемым по разным специальным налоговым режимам, эти расходы распределяются пропорционально долям доходов в общем объеме доходов, полученных при применении указанных специальных налоговых режимов.

В соответствии с пунктом 3 статьи 4 Федерального закона от 21 ноября 1996 года № 129-ФЗ «О бухгалтерском учете» организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, освобождаются от обязанности ведения бухгалтерского учета, кроме ведения учета основных средств и нематериальных активов в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете.

Организации по видам предпринимательской деятельности, переведенным на уплату единого налога на вмененный доход, не освобождены от ведения бухгалтерского учета.

При совмещении различных режимов налогообложения организациями, являющимися налогоплательщиками единого налога на вмененный доход, Минфин рекомендовал определять доходы по видам предпринимательской деятельности, переведенным на уплату указанного налога, на основании данных бухгалтерского учета с учетом положений статей 249, 250 и 251 Кодекса.

Минфин также напомнил, что в ряде случаев обязанность по ведению бухгалтерского учета организациями (в том числе организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения) прямо указана в иных законодательных актах.

Так, в соответствии с пунктом 1 статьи 18 Федерального закона от 8 февраля 1998 года № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» решение об увеличении уставного капитала общества за счет имущества общества может быть принято только на основании данных бухгалтерской отчетности общества за год, предшествующий году, в течение которого принято такое решение.

Согласно пункту 2 статьи 49 Закона в случае публичного размещения облигаций и иных эмиссионных ценных бумаг общество обязано ежегодно публиковать годовые отчеты и бухгалтерские балансы.

Определение стоимости отчуждаемого имущества в результате крупной сделки также осуществляется на основании данных бухгалтерского учета.