Минфин России в Письме от 7 апреля 2010 г. № 03-08-05/1 разъяснил данный вопрос

Как сказано в этом Письме, в соответствии с пп. 4 п. 1 ст. 251 НК РФ не учитываются при налогообложении прибыли доходы в виде имущества (имущественных прав), которые получены в пределах вклада (взноса) участником хозяйственного общества или товарищества (его правопреемником или наследником) при выходе (выбытии) из хозяйственного общества или товарищества либо при распределении имущества ликвидируемого хозяйственного общества или товарищества между его участниками. Положения пп. 4 п. 1 ст. 251 НК РФ применяются, в том числе, и к правоотношениям с участием иностранных организаций.

Если налогоплательщик является иностранной организацией и не осуществляет свою деятельность через постоянное представительство в Российской Федерации, то в соответствии со ст. 247 НК РФ объектом налогообложения по налогу на прибыль признаются доходы, полученные от источников в Российской Федерации, которые определяются в соответствии со ст. 309 НК РФ.

Как пояснил Минфин РФ, доходы, получаемые в результате распределения в пользу иностранных организаций прибыли или имущества организаций, иных лиц или их объединений, в том числе при их ликвидации, относятся к доходам иностранной организации от источников в Российской Федерации и подлежат обложению налогом, удерживаемым у источника выплаты доходов.

Таким образом, доход в виде действительной стоимости доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью, получаемый иностранной организацией при выходе из общества, подлежит налогообложению у источника выплаты в Российской Федерации в части, превышающей взнос этого иностранного участника в капитал общества.

Обязанность по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на прибыль с доходов иностранной организации возлагается на налогового агента - организацию, выплачивающую доходы такой иностранной организации.

Однако нужно обратить внимание, что в соответствии со ст. 7 НК РФ если международным договором Российской Федерации, содержащим положения, касающиеся налогообложения и сборов, установлены иные правила и нормы, чем предусмотренные НК РФ и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами о налогах и (или) сборах, то применяются правила и нормы международных договоров Российской Федерации